Jmol

Cara Menggunakan Aplikasi Jmol

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini gratis lho….. selain gratis aplikasi ini kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix.

Aplikasi ini bisa di download disitus resminya> http://jmol.sourceforge.net/download/. 

Untuk aplikasi jmol ini tidak membutukkan persyaratan komputer yang neko-neko, yang penting komputer yang digunakan suport dengan java 1.4 keatas. Tutorial instalasi untuk masing-masing sistem operasinya bisa di lihat disitusnya.

Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.

Gambar di bawah ini adalah contohnya

Jmol yang digunakan dalam sistem operasi linux (PCLinuxOS). Kalau untuk menggambar senyawa sesuai dengan keinginan yang pertama kali ada lah membuka jmol dengan tampilan polos.

Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon “Open the model kit“

Setelah di klik muncul seperti ini deh.

Nah langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa CH3NO2

Nah jadi deh senyawa CH3NO2-nya. Software ini sangat berguna jika kita mempelajari tentang suatu senyawa atau kita juga dapat menggukanan aplikasi ini untuk proses belajar mengajar.

Untuk menu didalam sebenarnya masih banyak dan Jmol dapat menggunakan suatu script. Untuk keperluan yang sederhana seperti diatas, kemampuan mengolah data sebatas menggambar itu sudah cukup untuk mengoperasikan aplikasi ini. Untuk hal yang lebih rumit kemampuan dalam bahasa pemrograman juga di butuhkan.

AVOGADRO

CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)

Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.

Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.

Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.

Embedded interpreter Python.

Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.

Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.

Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.

Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.

Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.

Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki

Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.

Hasilnya adalah:

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types

Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

Tutorial BK Chem

Cara Menggunakan Aplikasi BK Chem

BKChem adalah alternatif gratis untuk ChemDraw yang sering digunakan . Hal ini terutama berguna untuk menggamabarkan mekanisme reaksi di papan diskusi ini dan bagi mereka yang dapat menulis proyek penghargaan yang memerlukan gambar struktur kimia. Jika ChemDraw adalah sebuah program aplikasi untuk menggambar struktur molekul yang hanya gratsis untuk masa percobaan dan kemudian untuk berlangganan harus dibeli (namun saat ini ChemDraw juga tersedia dan gratis pada yang sudah ada pada KIMUX. BKChem adalah (seperti dalam perangkat lunak bebas) gratis program gambar kimia. Ia disusun dan ditulis oleh Beda Kosata dan saat ini dikelola oleh Reinis Danne .

BKChem ditulis dengan Python , bahasa pemrograman ditafsirkan dan sangat bagus . BKChem harus dapat digunakan pada semua sistem modern. Meskipun BKChem dikembangkan di GNU / Linux . Namun bisa juga digunakan pada WinXP dan MacOS X. Di bawah ini adalah link ke website pengembang : http://bkchem.zirael.org 

dan untuk mendownload bisa di  http://bkchem.zirael.org/download.en_html

Inilah tampilan Default BKchem

Struktur naftalena adalah dua cincin benzena yang menempel. Untuk menggambar cincin benzena maka klik ikon seperti cincin heksagonal. Klik dua kali pada lembar berwarna putih seperti pada gambar di bawah ini.

Putar cincin naftalena agar berada pada posisi horizontal dengan cara mengeklik ikon Rotate dan dragmenuju posisi horizontal seperti gambar di bawah ini.

Karena reaksi ini merupakan reaksi sulfonasi maka kita harus menambahkan tanda “+” dan teks “SO3″ seperti gambar di bawah ini. Jangan lupa untuk memberikan nama Naftalena tepat di bawah cincin naftalena..

Setelah itu kita tambahkan dua panah equilibrium dengan cara mengeklik ikon panah dan pilih Equilibrium.Klik pada lembar putih sebanyak 2 kali.

Kita harus memutar seperti halnya pada cincin naftalena dengan mengeklik ikon Rotate. Posisikan panah equilibrium seperti gambar di bawah ini.

Copy cincin naftalena dengan cara Grouping seperti gambar di bawah ini dan pilih Paste sebanyak dua kali.

Setelah itu tempatkan cincin naftalena sebagai produk dan tambahkan cabang seperti gambar di bawah ini.

Gugus yang menjadi cabang pada cincin naftalena adalah SO3H, maka kita tuliskan teks “SO₃H”.

Lalu beri nama pada kedua produk seperti gambar di bawah ini.

terima kasih dan selamat mencoba :)