CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO
Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai
paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan
secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu
material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan
pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah
GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya
sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa
dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data
bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya
terhadap uji biologis)
Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus
membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
Embedded interpreter Python.
Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah
bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum
dialihbahasakan.
Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS
X.
Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan
peneliti lebioh lanjut.
Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool
interaktif, perintah, dan skrip Python.
Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia
lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan
biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )
Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan
aplikasi avogadro.
Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti
dibawah ini.
Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti
Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih
warnayang Anda kehendaki
Hasilnya :
Untuk memulai membuat
bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul
tampilna seperti di bawah ini.
Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan
tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar
C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order
adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust
Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.
Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui
sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik
Start.
Hasilnya adalah:
Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu
tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya
check pada label yang ada di Display types
Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”
Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:
No comments:
Post a Comment