Thursday, December 4, 2014

Tutorial Kalzium

KALZIUM 

Kalzium adalah aplikasi kimia yang digunakan dalam linux yang berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut.
Tampilannya : 


Bagaimana cara membuatnya?mudah saja… :)
Kalzium dapat menampilakn berbagai bentuk dari Periodic Table, caranya tinggal memilih icon yang berisikan pilihan Classic, Short, Long, Transition, atau juga DZ Periodik Table. 
Disini saya memilih tampilan Long Periodic Table, selain itu kita juga bisa menggunakan fitur Scheme untuk memilih tampilan dari periodic table, seperti pilihan Icon yang disertai dengan gambar contoh dalam kehidupan.



Selain itu kita juga dapat memilih fitur Gradient yang dapat menampilkan gradiasi warna dari 
Periodic Table tersebut.


Bagi anda yang ingin mengetahui melting point, boiling point, dll dapat melihatnya dengan mengklik salah satu unsur yang dikehendaki. Disini saya mencoba untuk melihat karakteristik dari unsur Li :


Untuk melihat model atomnya dengan cara klik atom model, seperti berikut :


Kita bisa melihat unsur-unsur lain hanya dengan cara klik icon pilihan Previous :


Jika anda mengetahui manfaat lebih dari aplikasi kimia ini kita bisa memilih fitur tool Plot Data. Untuk menuju tool Plot Data, klik menu Tool dan  pilih Plot Data. Pada tool  ini dapat dilakukan pem-plot-an antara sumbu X dan Y (dalam sebuah grafik) beberapa sifat periodik unsur untuk melihat kecenderungan suatu unsur.


Bagian sumbu X dan Y terdapat nomor atom (Atomic Number), massa atom (Mass), elektronegatifitas (Electronegativity), titik lebur (Melting Point), titik didih (Boiling Point), jari-jari atom (Atomic Radius), dan jari-jari kovalen (Covalent Radius).
Sebelum melakukan pem-plot-an tentukan terlebih dahulu First element dan Last element dengan mengetikan angka atau menekan tanda panah atas-bawah. Atur juga bagian Display (Tampilan), apakah kita ingin menampilkan label (nama unsur atau simbol unsur) pada titik-titik plot atau dibiarkan kosong tanpa label.
Pokok bahasan yang bisa memanfaatkan Plot Data ini antara lain:
  • Sistem periodik unsur (sifat periodik unsur). Di sini kita bisa mempelajari tentang berbagai kecenderungan unsur dengan naiknya nomor atom, atau dalam jenis unsur tertentu (logam-non logam, masing-masing blok, golongan)
  • Ikatan kimia (ikatan ion, ikatan kovalen, ikatan logam). Bahasan ikatan kimia bisa memanfaatkan data elektronegativitas untuk menentukan kemungkinan suatu unsur membentuk ikatan dengan unsur lainnya. Apakah mereka akan membentuk ikatan ion, ikatan kovalen, atau ikatan logam.
  • Kimia unsur (kelimpahan unsur). Beberapa karakteristik unsur juga bisa dipelajari dengan menggunakan plot data Kalzium ini.
  • Pokok bahasan lain yang memerlukan plot data unsur-unsur.







Tuesday, December 2, 2014

Tutorial GDIS

GDIS





GDIS adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:
* Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
* Alat pengajuan Job untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
* Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
* Alat manipulasi yang berguna, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
* Powerfull generasi permukaan dan alat kristal morfologi.
* Pola Difraksi generasi dan merencanakan.
* Animasi multi-frame file.
* Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
GDIS juga memungkinkan Anda untuk melakukan fungsi-fungsi berikut melalui paket lainnya:
* Model raytracing (courtesy of Povray)
* Film Generasi (courtesy of FFmpeg)
* Ruang kelompok pengolahan (courtesy of SgInfo)
* Lihat Tabel Periodik (courtesy of GPeriodic)
Meskipun dikembangkan pada platform Linux, GDIS telah berhasil dikompilasi di bawah IRIX, Solaris, OpenBSD, OS-X, dan bahkan Windows.

CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMTOOL



CARA MENGGUNAKAN APLIKASI CHEMTOOL



Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah. Nah sekarang ayo kita belajar cara menggunakan aplikasi chemtool. Pertama ketika Anda membuka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini:


Untuk memulainya klik menu tools-tempaltes maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini. Tampilan templates-carboncycles.pilih struktur yang Anda kehendaki




 Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan